根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)规定，以下简称《通知》，对房地产开发企业符合以下条件，主管税务机关可要求进行土地增值税清算：
(一)已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
(二)取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的；
(三)纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；
(四)税务机关规定的其他情况。
以上4类可清算情形，通常是针对未实现全部销售的房地产开发项目。当已售项目清算结束后，尾盘实现销售时，销售收入会因受到市场波动等因素影响，导致已销售部分的增值额与再销售部分的增值额产生差异，从而影响纳税人的实际税负，最终容易形成房地产企业土地增值税后续管理的涉税风险。因此针对已售房屋土地增值税清算后，对尾盘销售中易产生的土地增值税涉税风险，进行了分析，并提出了相应的管理建议。
纳税人申报与税收征管中易出现的“三种”风险
已售房屋土地增值税清算后，尾盘销售实现销售收入时，在纳税人申报和税收征管中容易产生“三种”风险：
一是纳税人仍旧按预征税率申报。
即：当期销售收入×预征率=当期应纳土地增值税，该做法明显与国家税收政策相悖。
二是纳税人按照已清算项目的实际税负率进行申报。
即：(已清算项目应纳土地增值税税额/已清算项目销售收入)×当期销售收入=当期应纳土地增值税。
因为在单位扣除成本不变的情况下，清算后的项目销售价格受到市场、政策、供求关系等因素的影响，导致已清算项目与尾盘项目实际的增值额、增值率不可能完全一致，即清算前后纳税人实际税负不可能完全相同。如果简单套用已清算项目的税负率计征尾盘项目的土地增值税，那么会造成税款多缴或少缴。
三是纳税人重新计算增值率。
即：当期销售收入-(清算时的扣除项目总金额/清算时总建筑面积)×当期销售建筑面积=当期增值额，根据增值额重新计算增值率，对照相应的税率计算当期应纳土地增值税税额。
这种方法虽然符合《通知》第八条规定，“土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售和转让面积计算(单位建筑面积成本=清算时的扣除项目总金额/清算时总建筑面积)”。
但这里的“清算时的扣除项目总金额”中包含了清算时应扣除的相应税费。“清算时扣除项目总金额”中，除了税费是随着销售收入的变动而变动的，其他扣除项目金额应保持前后一致。因此重新计算的增值率时，不能笼统的以已销售的成本费用和税金作为总的扣除项目，而应根据尾盘销售后实际发生的销售收入计算相应的扣除税金。
虽然以上这三种计算方法在土地增值税日常征收中经常使用，但是并不适用于已清算后的尾盘销售的土地增值税征收，否则会产生涉税风险。
实践中，正确计算缴纳土地增值税的方法应为：当期销售收入-[(清算时的扣除项目总金额-清算时扣除的税费)/清算时总建筑面积×当期销售建筑面积-当期销售收入×9%*(1+7%+3%)]=当期增值额，根据增值额重新计算增值率，对照相应的税率计算当期应纳的土地增值税税额。
分析产生风险的“三个”原因
造成清算后开发项目尾盘销售存在风险的原因主要有以下三个方面：
一是企业办税人员政策掌握不透。
开发公司部分财务人员未能准确掌握相关土地增值税政策，或是怕麻烦，图省事，以及办税人员换岗脱节，对土地增值税预缴及清算情况不了解造成的，也有部分企业可能在主观上存在不缴或少缴税款的侥幸心理。
二是税收管理员辅导不到位。
因为受到时间、精力、业务水平等因素的影响，税收管理员对企业的纳税辅导不到位，造成尾盘销售后不能正确计算土地增值税。
三是税务机关后续管理制度不健全。
未建立土地增值税清算项目登记台帐，对已清算项目未销售房产未实行跟踪管理，对已清算项目后，新实现的销售收入及其扣除项目不能及时审核到位，造成管理环节上前后脱节。
防范风险的“五条”建议
针对以上风险产生的主要原因，建议应从以下五个方面加强防范。
一是要强化源头管理。
土地增值税清算之后，纳税人和主管税务机关应全面掌握《土地增值税清算结论通知书》中销售收入总额、扣除项目总金额、清算的总建筑面积、单位建筑面积成本以及未售房屋面积等重要数据和计算口径，这是尾盘实现销售后准确计算申报土地增值税的前提。
二是要强化申报管理。
房地产企业要设置并按月附报《清算后房地产项目销售明细表》，分清哪些是清算后新发生的销售额，重点关注自用、租借、置换等视同销售形成的销售收入。
三是要强化监控管理。
主管税务机关要设置《土地增值税已清算项目底册》，掌握已清算项目可售面积、未售面积、未售房型等情况，设置《清算后项目销售收入登记台账》，逐月审核登记、年度汇总比对，力求税务机关台账数与企业账面数以及房屋实有数相一致。
四是要强化清算管理。
主管税务机关要利用定期巡查、专项评估、日常检查的形式，有计划地对清算后“尾盘销售”进行评估检查，特别关注全部销售结束的尾盘项目清算，以及在房地产企业注销时对其所有开发项目中“尾盘项目”的土地增值税清算。
五是要强化数据风险管理。
运用风险控制理论，设置风险预警指标，构建风险管理模型，通过土地增值税计税依据与增值税计税依据的差异比较；清算前后单位销售价格的差异比较；清算前后单位销售面积税金及附加的差异比较等数据，进一步提高房地产项目土地增值税清算后续管理水平。
在税收实践中，部分税务部门和税务人员对完成清算后的房地产开发项目尾盘销售土地增值税管理，较易存在操作上的两大误区。
误区一：按照预征率申报。即：当期销售收入×预征率＝当期应纳土地增值税。
误区二：按照项目清算的实际税负率进行申报。即：（已清算项目应纳土地增值税税额÷已清算项目销售收入）×当期销售收入＝当期应纳土地增值税。
案例
某房地产开发有限公司于2010年6月成立，从事房地产开发、经营、销售和租赁等业务。该公司开发某项目建设周期为2011年～2013年，项目总可售建筑面积10000平方米，其中普通住宅7000平方米，占70%；店铺3000平方米，占30%。
2015年6月企业已销售建筑面积8500平方米，其中普通住宅售出面积6800平方米，店铺售出面积1700平方米。该项目已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例为85%，符合可要求土地增值税清算条件。在收到主管税务机关清算通知后，企业按要求对项目土地增值税作自行清算，并形成清算报告及相关清算资料上报主管税务机关。
案例情况
（一）清算审核情况
税务机关经过审核确认，至清算时，该项目普通住房的销售均价3500元/平方米、售出面积6800平方米；店铺销售均价6176.47元/平方米、售出面积1700平方米。
取得销售总收入3430万元（普通住房2380万元、店铺1050万元）。
含税费的扣除项目总金额为3500万元，普通住宅分摊金额2450万元（3500×70%），店铺分摊金额1050万元（3500×30%）。
应纳土地增值税为152.25万元，其中：
普通住宅增值额为0元：0.35×6800－（6800÷7000×2450），即无增值额；
店铺455万元：0.617647×1700－（1700÷3000×1050），
增值率为：76.47%（455÷595×100%），应纳土地增值税为152.25万元（455×40%－595×5%）。
（二）后续销售土地增值税管理情况
2015年11月，该项目在土地增值税已清算后，发生了剩余“未售商品房”再销售业务，共售出面积600平方米（其中，普通住宅100平方米，均价5100元/平方米；店铺500平方米，均价8000元/平方米），依据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第八条规定，单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总可售建筑面积；当期应纳土地增值税税额＝当期增值额×相对应的适用税率。
经核算，该项目单位建筑面积成本费用为0.35万元（3500÷10000），后续销售土地增值税计算如下：
1.当期普通住房增值额
＝（100×5100）－（100×3500）
＝160000（元）
增值率＝160000÷（100×3500）×100%＝45.7%
（因20%＜45.7%＜50%，故不能享受免税优惠政策，适用30%的税率）
当期普通住房土地增值税应纳税额
＝160000×30%＝48000（元）
2.当期店铺增值额
＝（500×8000）－（500×3500）
＝2250000（元）
增值率＝2250000÷（500×3500）×100%＝128.6%
（因100%＜128.6%＜200%，适用50%、速算扣除15%的税率）
土地增值税应纳税额
＝2250000×50%－1750000×15%
＝862500（元）
追缴企业后续销售土地增值税＝862500＋48000＝910500（元）
分析
本案中，受多种因素影响，企业尾盘实际的税负率通常与之前阶段并不相同，套用已清算项目税负率计算尾盘的土地增值税，会造成税款多缴或少缴（房价上涨期造成少缴）的问题。对此，要依据国税发[2006]187号文件有关尾盘转让收入的土地增值税处理办法进行管理，即：在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。计算公式是：
单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
扣除项目金额＝（清算时的扣除项目总额÷清算时总建筑面积）×当期销售或转让建筑面积
这里尤其要注意，“清算的总建筑面积”应指“可售总面积”，否则不可售部分的成本费用将无处分摊。
建议
一是建立项目清算档案。
档案内容应包括：对清算工作经验教训的总结；有关资料的备案；对中介鉴证报告的质量评价；建立清算后续管理台账：详细载明土地增值率、清算项目单位建筑面积应当负担的单位成本、未售房屋的幢号、面积等相关数据。
二是对尾盘再销售扣除项目确认完善建议。
对尾盘阶段土地增值税计算的扣除项目中的土地价款、开发成本、开发费用和加计扣除四个部分，在尾盘转让阶段通常都已固定，但扣除项目中的转让税金却与实际转让收入直接相关，为使尾盘阶段土地增值税计算更准确，应考虑到转让税金因素，可把计算尾盘再销售阶段扣除项目金额公式修改为：
扣除项目金额＝[（清算时扣除项目总金额－清算时扣除的税金）÷清算时总可售面积]×当期销售建筑面积＋当期销售收入×9%×（1＋7%＋3%）
