1、实质与形式（表观）的不吻合
所谓实质即经济实质，所谓形式主要是法律形式，外在表现形式是协议、合同、发票等。
举例1：A公司负责目标土地的一级整理与二级开发，A公司支付10亿元土地出让金后，政府将其中6亿元返还给A公司，A公司与政府的相关协议中约定上述6亿元为“土地出让金返还”，A公司收到6亿元后冲减了账面土地成本6亿元。
评析：一级整理的实质被人为扭曲为土地出让金返还，且做错误财务处理，后续6亿元成本在增值税/企业所得税/土地增值税中的扣除、抵减将处于非常不利的局面。
举例2：B公司与政府签订的土地出让合同中约定净地交付，土地出让金5亿元，B公司需建设一所学校无偿移交政府。
评析：税务机关有时候喜欢望文生义，协议写的是无偿移交，咱们就按赠送处理，视同销售确认收入但不承认实物地价。
衍生讨论：实质是否具有唯一性？实质和形式哪个更重要？
理论上来说实质应该具有唯一性，但实务当中实质往往是任人打扮的小姑娘，故事可以有很多个版本，在形式的浓妆淡抹下，自圆其说的逻辑有很多。至于实质和形式哪个更重要，实务中形式更重要，形式过得去税务机关才有放你一马的台阶，就算税务机关心知肚明实质是有问题，如果形式做的十分充分及完美，税务机关一般也没那个动力去深挖细究，说白了，把你弄死了，他也未必多发奖金。
2、税法本身的缺陷
税法本身的缺陷主要有：违法、错误、冲突、不明等。
举例3：广东省三旧改造税收指引（2019版）关于无偿移交的税费处理规定
这个规定最奇葩的是，三税对同一经济行为定性不同，土增税的规定是最符合经济实质的，承认了无偿移交是换取土地使用权或支付拆迁补偿的实物经济利益对价之一，而增值税与所得税虽未明言，但言下之意是按赠送理解与处理的，这显然是违背常理，也与土增税规定矛盾。
举例4：房地产开发企业所得税计税毛利率
《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）
第八条企业销售未完工开发产品的计税毛利率由各省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局按下列规定进行确定:…....
《国家税务总局深圳市税务局关于房地产开发经营业务企业所得税计税毛利率等有关问题的公告》（国家税务总局深圳市税务局公告2020年第1号）
一、企业销售未完工开发产品的企业所得税计税毛利率
(一)开发项目位于深圳市辖区内的，计税毛利率为15%；
问：深圳市税务局有权制定计税毛利率么？深圳市作为计划单列市，其市局行政级别与广东省局平级，直属总局领导，所以广东省局很多政策是特别说明深圳除外的，但计税毛利率的制定主体为省、自治区、直辖市税务局，深圳市税务局显然不合格，有越权之虞。曾几何时，各地税务局纷纷出台计税毛利率的文件，这几年陆陆续续基本被清理掉了，因为这个违法太明显了，至于部分省局已转授权的方式将计税毛利率指定权限下放地市税局，这种转授权也是无效的。
3、税法规定与征管实际的脱节
举例5：实物拆迁补偿的契税（针对摘地企业）
根据《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税〔2004〕134号）规定，以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。
按上述规定，似乎实物拆迁补偿是要缴纳契税的，但是实操中几无税务机关对实物拆迁补偿征收契税，那么作为纳税人的你会主动缴纳么，显然不会，这个风险就摆在这里，税局找上门不见得你能占理。
4、税法规定与经济常态的脱节
举例6：房地产开发企业的资金往来
房地产开发一般一个项目一个独立法人公司，房地产开发是资金密集的行业，控股平台公司需要统筹、平衡各个项目的资金，因此控股平台公司与项目公司之间，项目公司之间有大额、频繁的资金归集、往来，且一般不计息。
《营业税改征增值税试点实施办法》
第十四条下列情形视同销售服务、无形资产或者不动产：
（一）单位或者个体工商户向其他单位或者个人无偿提供服务，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。
关联公司尤其是房地产关联公司的往来视同销售问题基本是一逮一个准，产生这个问题的原因很大一部分是各地政府的税收利益保护主义，你要到我的地盘开发，就必须成了单独法人，确保所有税收就地缴纳，所以才有了全国成千上万的地产项目公司。
5、形式不合规
举例7：建安发票备注栏不注明项目地址（市县区）及项目名称；与A公司签约，但开具B公司抬头发票；协议约定服务内容是设计服务，却开具9%税率发票；取得政府财政性资金所得税作不征税处理，但未取得拨付文件或未单独核算。
6、业务不合理
举例8：关联公司提供主体建安服务，单价明显高出市价，且无合理解释。
关联交易最大的好处是一般不会有虚开的问题，因为业务往往都是真实的，就算是人为加成的金额，因为都是体系内，左口袋和右口袋的关系，不用回流，税务机关很难抓到虚开的把柄，置疑最多的无非是定价合理性，这个可以通过转移定价报告、非关联交易验证、服务/工程量清单及计价清算等多种形式予以合理化处理。
实务当中有种发票万能论的狭隘观点，多见于非财税人员，他们认为只要有发票，成本和费用就能扣除，但发票不是万能的，还需业务真实、定价合理、三流合一、票据合规等等一些列附加条件。.
7、不合规操作明面化处理
举例9：在项目合作协议中约定部分股权转让溢价转移到分红、总包款支付。
很多事你可以做，但不能摆在台面上说，比如上面的例子直接模糊化处理，将转移关系隐藏掉（比如股转协议和总包协议单独签），要去验证其实需要难度的，但如果你做成了“司马昭之心，路人皆知”，税局看到了看不过眼，主动送上门的合同、协议，税局想不处理你都难。
