风险一：初始投资成本是否能全部扣除的风险。
自然人用非现金资产投资，根据个人所得税法相关规定，辽宁政泽财税网如果个人资产评估增值后投资应在投资时即征收个人所得税。如果在投资环节未缴纳个人所得税，税务机关将按照规定追缴税款。同时，计税成本为评估增值纳税后的价值。
提醒：自然人股东转让股权时，要注意用非现金资产投资时，在投资环节是否缴纳了个人所得税。
风险二：扣除追加投资成本时被追查是否涉税的风险。
自然人的股权很多情况下不是一次投资，而是累计多次投资形成的。有多种增资形式会涉税，例如被投资企业用评估增值的资产增资、盈余积累转增资本等，如果在增资环节未纳税，在转让环节会有被税务机关追查并要求补缴税款的风险。
例如，A公司注册资本2000万元，甲、乙两自然人分别持有该公司80%和20%股权，甲欲将持有的股权全部转让给丙，A公司在甲转让股权前曾以其土地使用权评估增值1200万元进行增资，如果在增资时未代扣代缴税款，在甲转让股权时，税务机关会认定：甲应先行补缴个人所得税192万元(1200×80%×20%)，然后才能确认其股权转让的计税成本2560万元(2000×80%+1200×80%)。
