随着房地产市场调控持续深入，不少房地产项目出现利润下滑，甚至出现增值税预缴金额超过实际应纳税额的情况，此类情况也引起了进项税与预缴税金抵扣顺序问题的讨论。
对开发企业而言，虽然进项税和预缴税金都属于增值税抵扣项目，但是两者的抵扣范围和时效性均存在差异。
进项税属于法人税，不但可以抵减相同法人下的全部销项税，还可以在符合一定条件下，申请最高六成的留抵退税;而预缴税金，仅在增值税纳税义务发生以后才能进行抵减，且能否跨项目、跨收入类别进行抵减在实务中存在争议，同时现行政策暂不支持超预缴税金退税。
总的来说，由于进项税无论是抵扣范围还是抵扣时效性都优于预缴税金，在超预缴税金情况下，优先抵减预缴税金对开发企业来说较为有利。
但是在实务中，是否允许纳税人选择优先抵减预缴税金?
上述问题在政策中未予以明确，但是根据增值税纳税申报表主表的计算顺序，先以销项税减去进项税、减征额后计算得出应纳税额合计(第24行)，再减去分次预缴税额(第28行)、专用缴款书预缴税额(第29行)最终计算得出本期应补(退)税额(第34行)。
从上述计算顺序可以看出，计算本期应交增值税应优先抵减进项税，如果存在应纳税额余额的再抵减预缴税金。
因此，在超预缴税金情况下，开发企业无法选择优先抵减预缴税金，无形增加了资金占用成本。
针对此问题，开发企业应首先注意维护纳税信用等级并满足其他若干条件，提前申请留抵退税，减少和预缴税金抵扣时点的重叠。
但是在实务中，很多地方财政由于资金吃紧，开发企业无法及时申请留抵退税，因当前已经取消进项认证期限，此时开发企业应注意把握进项税认证时点，适当减少预缴税金抵扣顺序之前的进项税额，从而保证预缴税金能够及时抵减应纳税额。此后再认证进项税，形成留抵税额的，可在后续财政资金充裕时申请退税或用于抵扣其他收入类别的销项税。
