计算土地增值税，对纳税人缴纳的印花税是否允许土地增值税税前扣除应区分种情况：
一、非房地产企业转让使用过的旧房。转旧房的土地增值税扣除有两种方法：一是扣除转让旧房的应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。其中，旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋和建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。二是纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《土地增值税暂行条例》第六条、第(一)、(三)项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%的计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不得作为加计5%的基数。
1.受让环节缴纳的印花税扣除。转让旧房的土地增值税计算：如果选择实行重置价扣除，房屋重置价中已包含了契税以及印花税因素，所以，不能重复扣除受让环节印花税。采取按发票金额按年加计，文件仅明确对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不得作为加计5%的基数。文件并未明确印花税。因此，允许扣除的也不包括受让环节缴纳的印花税。但对非房地产开发企业，其购买土地使用权所支付的印花税计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
2.转让环节缴纳的印花税。根据《土地增值税暂行条例实施细则》(财法字〔1995〕6号)第七条第(五)项规定，“与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。”以及《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕48号)第九条规定，“细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已相应予以扣除。其他的土地增值税纳税义务人在计算土地增值税时允许扣除在转让时缴纳的印花税。”因此，对非房地产企业转让环节缴纳的印花税允许土地增值税税前扣除。
二、房地产企业缴纳的印花税的扣除。房地产开发企业在整个经营过程中，签订了很多合同。例如，土地出让合同、委托设计合同、建筑安装合同、材料采购合同、设备购置合同、借款合同、房产销售合同、房产租赁合同等，这些合同已经按照缴纳了印花税，在计算土地增值税时是否扣除?
1.房地产企业受让土地缴纳的印花税。房地产开发企业，购买土地使用权所支付的印花税，在管理费用中核算，在计算土地增值税时包含在房地产开发费用中扣除，不单独重复扣除。
2.房地产开发经营过程中缴纳的印花税，比如建筑合同印花税。原会计制度，经营过程中缴纳的印花税应当在“管理费用”中核算。《土地增值税暂行条例》及其实施细则规定，管理费用、销售费用、财务费用在计算土地增值税时，合并为“房地产开发费用”扣除，此项费用不是据实扣除，而是按照“取得土地使用权所支付的金额”和“房地产开发成本”之和的10%扣除。《关于印发增值税会计处理规定的通知》(财会[2016]22号)文件规定：全面试行营业税改征增值税后，“营业税金及附加”科目名称调整为“税金及附加”科目，该科目核算的范围包括了印花税，这只是会计核算科目的调整，并没有改变印花税税前扣除的实质，因此，开发环节缴纳的印花税不能重复扣除。
3.房地产企业销售环节缴纳的印花税。《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)规定：房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，管理费用已统一按比例扣除，因此，销售环节缴纳的印花税不能重复扣除。虽然财会〔2016〕22号实施后，对销售环节缴纳的印花税不再计入“管理费用”，而是计入“税金及附加”，但土地增值税立法是基于当时的会计处理，虽然会计政策变化了，但土地增值税立法本意不变，即使印花税计入“税金及附加”，仍不能在计算土地增值税时扣除。
但在实操中，也有不同观点。如《国家税务总局广东省税务局关于发布<国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程>的公告》(国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号)第三十七条规定，与转让房地产有关税金的审核，应当确认与转让房地产有关税金及附加扣除的范围是否符合税收有关规定。根据会计制度规定，纳税人缴纳的印花税列入“管理费用”科目核算的，按照房地产开发费用的有关规定扣除，列入“税金及附加”科目核算的，计入“与转让房地产有关税金”予以扣除。
